碧云天生产的XRN-1，又称5’-Phosphate Dependent Exonuclease (5’-磷酸依赖的核酸外切酶)。它是由碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台通过大肠杆菌表达、纯化获得的一种高活性的5’-3’核糖核酸外切酶(5’-3’ Exoribonucleases)，并要求底物RNA的5’端为单磷酸修饰，是一种可用于催化5’端单磷酸化RNA (p-RNA)以5’→3’方向降解为NMP的5’核酸外切酶。XRN-1也可以消化具有5’端单磷酸化的单链DNA (ssDNA)，但酶切效率较低[1]。XRN-1不能消化具有5’端三磷酸(5’-ppp)、5’端二磷酸(5’-pp)、5’加帽(5’-cap)和5’端羟基(5’-OH)的RNA、双链DNA (dsDNA) 和5’端为羟基、三磷酸或二磷酸的单链DNA，XRN-1也不能消化5’磷酸末端凹陷的双链RNA、DNA与RNA杂合链或形成类似二级结构中的5’磷酸RNA [1-3]。XRN-1发挥活性需要Mg²⁺ [3]，其催化的反应如下：

p-RNA → NMP

XRN-1的酶学性质使得其可以被应用于选择性消化核糖体RNA (rRNA)，在不依赖于oligo-dT磁珠或琼脂糖凝胶的情况下，可以从总RNA中分离和富集信使RNA (mRNA)，以便于构建mRNA测序文库[4]。XRN-1也可以用于RNA的5’末端分析等。

碧云天XRN-1水解5’端单磷酸化RNA的荧光实时分析请参考图1。

图1. 碧云天XRN-1 (R7040)与国外L公司(Competitor L)的XRN-1对5'端单磷酸化RNA水解效果对比图。图A，发光原理。分别合成带有荧光基团的单链RNA-FAM和单链DNA-TAMRA，通过退火得到RNA/DNA杂交链[5]，TAMRA由于靠近FAM基团，可猝灭FAM的荧光。随着XRN-1消化RNA，FAM从从退火的双链寡核苷酸中释放，并在520nm波长处可检测到FAM荧光。图B，荧光法活性检测。配制100μl反应体系：50mM Tris-HCl (pH8.0)，100mM NaCl，2mM MgCl₂，20U RNase Inhibitor (R0102)，250nM底物RNA/DNA，0或20nM XRN-1。检测条件：激发波长494nm，发射波长520nm，温度30ºC，每10秒检测一次，共检测200秒。碧云天与L公司的XRN-1相比，图中对5’端单磷酸化RNA的水解效果更优。图中数据仅供参考，不同实验条件下获得的数据会有一定的差异。

碧云天XRN-1对哺乳动物细胞中提取的总RNA中rRNA的水解效果请参考图2。

图2. 碧云天XRN-1 (R7040)对哺乳动物细胞总RNA中rRNA的水解效果图。反应体系为20μl，总RNA含量为1μg，XRN-1为1μl，反应条件为30ºC孵育120分钟，反应完毕后加入2X RNA Loading Buffer (R0215)终止反应，随后取20μl用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。如图所示，1μl XRN-1在30ºC条件下，120分钟可以消化95%以上的rRNA。碧云天与L公司的XRN-1相比，对rRNA的水解效果基本一致。图中数据仅供参考，不同实验条件下获得的数据会有一定的差异。

来源：由大肠杆菌表达，表达基因为酵母的XRN-1基因。

分子量：约175kDa。

活性定义：One unit digests 1μg of rRNA substrate into acid-soluble nucleotides in 60 minutes at 30ºC under standard assay conditions。

纯度：不含自身活性之外的RNA酶，不含自身活性之外的DNA内切酶和外切酶。

Storage (Dilution) Buffer: 20mM Tris-HCl (pH7.5), 500mM NaCl, 0.1mM EDTA, 1mM DTT, 0.1% Triton X-100 and 50% Glycerol.

10X Reaction Buffer: 500mM Tris-HCl (pH8.0), 1M NaCl, 20mM MgCl₂.

失活或抑制：反应体系中超过1mM EDTA会对XRN-1的酶活造成抑制[3]。此外，70ºC孵育10分钟可使XRN-1失活。RNase Inhibitor例如碧云天生产的R0102不会抑制其酶活性。

包装清单：

产品编号	产品名称	包装
R7040S-1	XRN-1 (1U/μl)	20μl
R7040S-2	10X Reaction Buffer	200μl
R7040S-3	Storage (Dilution) Buffer	200μl
-	说明书	1份

产品编号	产品名称	包装
R7040M-1	XRN-1 (1U/μl)	100μl
R7040M-2	10X Reaction Buffer	1ml
R7040M-3	Storage (Dilution) Buffer	1ml
-	说明书	1份

产品编号	产品名称	包装
R7040L-1	XRN-1 (1U/μl)	500μl
R7040L-2	10X Reaction Buffer	5ml
R7040L-3	Storage (Dilution) Buffer	5ml
-	说明书	1份

保存条件：

-20ºC保存，至少两年有效。

注意事项：

酶使用时宜存放在冰盒内或冰浴上，使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。

本产品仅限于专业人员的科学研究用，不得用于临床诊断或治疗，不得用于食品或药品，不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明：
1. 参考下表在冰浴中配制如下反应体系：

Reagent	Control		Sample
	Volume	Conc. or amount	Volume	Conc. or amount
Ultrapure Water	(16.5-X)μl	-	(16.5-X)μl	-
10X Reaction Buffer	2μl	1X	2μl	1X
RNase Inhibitor (40U/μl)	0.5μl	20U	0.5μl	20U
RNA Sample	Xμl	1μg	Xμl	1μg
Storage (Dilution) Buffer	1μl	-	-	-
XRN-1 (1U/μl)	-	-	1μl	1U
Total volume	20μl	-	20μl	-

注1：由于涉及RNA操作，需要严格按照RNA操作的规范进行，避免RNase污染，相关试剂与耗材需要确保是RNase free的。
注2：Ultrapure Water推荐使用碧云天的ST876 BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile)。RNase Inhibitor推荐使用碧云天的R0102。
注3：该反应体系中RNase Inhibitor不会抑制XRN-1，添加是为了防止非特异性RNA降解。
注4：EDTA过多会抑制XRN-1活性，因此，不能使用TE等含有EDTA的缓冲液溶解RNA样品，反应底物RNA样品溶解在RNase free Ultrapure Water中即可；同时，该反应体系对RNA样品的纯度与质量要求较高，否则会影响消化反应结果。
注5：若需彻底水解5'端三磷酸化转录本，可额外添加RNA 5' Pyrophosphohydrolase (RppH) (R7035)。
2. 反应条件：30ºC孵育60分钟。如果发现效果欠佳，可以适当延长孵育时间至2-6小时。
3. 孵育完成后，按照1:1比例加入2X RNA Loading Buffer (R0215)混匀，根据核酸片段大小选择1.5%琼脂糖凝胶或者15%尿素(7M)聚丙烯酰胺变性胶进行电泳鉴定。
参考文献：
1. Stevens A, Poole TL. J Biol Chem. 1995. 270(27):16063-9.
2. Furuichi Y, LaFiandra A, Shatkin AJ. Nature. 1977. 266(5599):235-9.
3. Langeberg CJ, Welch WRW, McGuire JV, Ashby A, Jackson AD, et al. Biochemistry. 2020. 59(15):1493-1507.
4. Mironov KS, Shumskaya M, Los DA. Biochimie. 2020. 177:63-67.
5. Sinturel F, Pellegrini O, Xiang S, Tong L, Condon C, et al. RNA. 2009. 15(11):2057-62.
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