碧云天研发生产的T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT),即T4噬菌体β-葡糖基转移酶,也称T4 β-葡糖基转移酶(T4 β-glucosyltransferase),是碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种酶。T4-BGT能够将葡糖基团从尿苷二磷酸葡萄糖(Uridine diphosphate glucose, UDP-Glucose)转移至双链DNA中的5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine, 5-hmC)残基,生成β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(β-glucosyl-5 hydroxymethylcytosine, 5-gmC),含5-gmC的双链DNA因免受MunI/MfeI限制性内切酶的切割,从而起到保护5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)的作用[1]。T4-BGT可以用于NGS (Next-generation sequencing)甲基化测序,如酶法甲基化测序(Enzymatic methyl sequencing, EM-seq)、APOBEC偶联甲基化测序(APOBEC-coupled epigenetic sequencing, ACE-seq)、TET辅助重亚硫酸盐测序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq)等[2]。
全基因组重亚硫酸盐测序(Whole genome bisulfite sequencing, WGBS)一直是研究DNA甲基化图谱的金标准,但重亚硫酸盐的化学反应会对DNA造成损伤,导致DNA断裂、丢失以及在甲基化区域表现出明显的GC偏嗜性,而基于酶法的甲基化测序就克服了这些缺点。EM-seq通过酶法完成全基因组甲基化测序建库包括两个步骤:第一步使用TET2 (Tet methylcytosine dioxygenase 2)和T4-BGT将5-甲基胞嘧啶(5-Methylcytosine, 5-mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)分别转化为5-羧基胞嘧啶(5-Carboxylcytosine, 5-caC)和β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC),5-caC和5-gmC的胞嘧啶经过修饰不能被APOBEC3A进行脱氨处理;第二步利用脱氨酶APOBEC3A对未修饰的胞嘧啶进行脱氨,将胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),此步骤不会对5caC和5gmC造成影响,从而将两者区分开来。因此使用TET2、T4-BGT和APOBEC3A这三种酶实现对5-mC和5-hmC的特异性检测[2]。
碧云天生产的T4-BGT的酶活性检测效果请参考图1。
图1. 碧云天T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (D6755)催化5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)生成β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC)后免于被酶切的效果图。在20µl反应体系中,加入图中指定量的本产品或N公司(Competitor)的T4-BGT与20pmol含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA,37ºC孵育60分钟,以产生β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC),65ºC孵育10分钟以终止反应。随后,取出其中的10µl加入40U的MunI (D6476)及相应的缓冲液,37℃孵育60分钟进行酶切反应,65℃孵育20分钟以终止反应,反应完毕后加入DNA上样缓冲液(6X) (D0071),随后用BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%) (D0182/D0183)进行电泳分析,最终进行核酸染色和荧光成像分析。如图所示,本产品与N公司的产品相比,具有类似的催化效果。第一步反应体系(20μl):20mM Tris-Acetate (pH7.9 @ 25℃), 50mM Potassium Acetate, 10mM Magnesium Acetate, 1mM DTT, 0.04mM Uridine Diphosphate Glucose, 20pmol含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA以及不同浓度的T4-BGT。含5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基双链DNA的制备方法:将含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的24nt单链DNA(其中包含MunI酶切位点CAATTG序列,并且CAATTG序列中的C为5-hmC)和正常的与其互补的28nt单链DNA按照Annealing Buffer for DNA Oligos (5X) (D0251)说明书中的使用方法通过梯度降温退火形成含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA。第二步反应体系(20μl):10mM Tris-HCl (pH7.5 @ 37℃), 10mM MgCl2, 50mM NaCl, 0.1mg/ml BSA,10pmol含β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC)的双链DNA以及40U的MunI (第一步反应残留的组分除双链DNA外未列出)。实际操作时不同实验条件获得的实验结果会略有差异,图中所示结果仅供参考。
用途:可用于EM-seq、ACE-seq、TAB-seq等对5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)进行特异性检测;可用于富集含有5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)的DNA;也可用放射性尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glucose)供体对5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基进行标记。
来源:由大肠杆菌表达噬菌体T4-BGT基因,经纯化而获得。
活性定义:One unit is defined as the amount of T4-BGT required to protect 0.5µg T4gt-DNA against cleavage by MunI restriction endonuclease.
纯度:不含DNA内切酶和外切酶,不含RNA酶,不含磷酸酯酶,纯度大于95%。
酶储存溶液:20mM KPO4, 200mM NaCl, 0.25mM DTT, 0.1mM EDTA, 50% Glycerol (pH7.0 @ 25ºC).
10X T4-BGT Buffer: 200mM Tris-acetate (pH7.9 @ 25ºC), 500mM Potassium acetate, 100mM Magnesium acetate, 10mM DTT.
失活或抑制:65ºC加热10分钟可使T4-BGT失活。
包装清单:产品编号 | 产品名称 | 包装 |
D6755S-1 | T4-BGT (10U/μl) | 50μl |
D6755S-2 | 10X T4-BGT Buffer | 200μl |
D6755S-3 | UDP-glucose (2mM) | 20μl |
— | 说明书 | 1份 |
产品编号 | 产品名称 | 包装 |
D6755M-1 | T4-BGT (10U/μl) | 250μl |
D6755M-2 | 10X T4-BGT Buffer | 1ml |
D6755M-3 | UDP-glucose (2mM) | 100μl |
— | 说明书 | 1份 |
-20ºC保存,至少两年有效。
注意事项:使用本产品时宜放在冰盒内或冰浴上,使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。
本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
Reagent | Volume | Final concentration |
BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876) | 14.6μl | - |
10X T4-BGT Buffer | 2μl | 1X |
UDP-glucose (2mM) | 0.4μl | 0.04mM |
dsDNA with 5-hmC (10μM) | 2μl | 1μM |
T4-BGT (10U/μl) | 1μl | 0.5U/μl |
Total Volume | 20μl | - |
产品编号 | 产品名称 | 包装 |
D0068 | DNA亚硫酸氢盐转化试剂盒 | 50次/200次 |
D0069 | BeyoMag™磁珠法DNA亚硫酸氢盐转化试剂盒 | 96次/4×96次 |
D0071 | DNA上样缓冲液(6X) | 2ml |
D0182S | BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%, 10孔) | 10块 |
D0183S | BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%, 15孔) | 10块 |
D0251 | Annealing Buffer for DNA Oligos (5X) | 1ml |
D6476 | MunI | 400U/2kU/10kU/50kU |
D6751 | Recombinant APOBEC3A (A3A) | 25μg/100μg/500μg |
D6753 | Recombinant Ten-Eleven Translocase 2 (TET2) | 10μg/50μg |
D6755 | T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) | 500U/2500U |
ST876 | BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) | 100ml/500ml |