T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT)
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产品编号 D6755M
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¥ 1368.00
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500U 2500U
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碧云天研发生产的T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT),即T4噬菌体β-葡糖基转移酶,也称T4 β-葡糖基转移酶(T4 β-glucosyltransferase),是碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种酶。T4-BGT能够将葡糖基团从尿苷二磷酸葡萄糖(Uridine diphosphate glucose, UDP-Glucose)转移至双链DNA中的5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine, 5-hmC)残基,生成β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(β-glucosyl-5 hydroxymethylcytosine, 5-gmC),含5-gmC的双链DNA因免受MunI/MfeI限制性内切酶的切割,从而起到保护5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)的作用[1]。T4-BGT可以用于NGS (Next-generation sequencing)甲基化测序,如酶法甲基化测序(Enzymatic methyl sequencing, EM-seq)、APOBEC偶联甲基化测序(APOBEC-coupled epigenetic sequencing, ACE-seq)、TET辅助重亚硫酸盐测序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq)等[2]。

全基因组重亚硫酸盐测序(Whole genome bisulfite sequencing, WGBS)一直是研究DNA甲基化图谱的金标准,但重亚硫酸盐的化学反应会对DNA造成损伤,导致DNA断裂、丢失以及在甲基化区域表现出明显的GC偏嗜性,而基于酶法的甲基化测序就克服了这些缺点。EM-seq通过酶法完成全基因组甲基化测序建库包括两个步骤:第一步使用TET2 (Tet methylcytosine dioxygenase 2)和T4-BGT将5-甲基胞嘧啶(5-Methylcytosine, 5-mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)分别转化为5-羧基胞嘧啶(5-Carboxylcytosine, 5-caC)和β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC),5-caC和5-gmC的胞嘧啶经过修饰不能被APOBEC3A进行脱氨处理;第二步利用脱氨酶APOBEC3A对未修饰的胞嘧啶进行脱氨,将胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),此步骤不会对5caC和5gmC造成影响,从而将两者区分开来。因此使用TET2、T4-BGT和APOBEC3A这三种酶实现对5-mC和5-hmC的特异性检测[2]。

碧云天生产的T4-BGT的酶活性检测效果请参考图1。

图1. 碧云天T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (D6755)催化5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)生成β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC)后免于被酶切的效果图。在20µl反应体系中,加入图中指定量的本产品或N公司(Competitor)的T4-BGT与20pmol含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA,37ºC孵育60分钟,以产生β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC),65ºC孵育10分钟以终止反应。随后,取出其中的10µl加入40U的MunI (D6476)及相应的缓冲液,37℃孵育60分钟进行酶切反应,65℃孵育20分钟以终止反应,反应完毕后加入DNA上样缓冲液(6X) (D0071),随后用BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%) (D0182/D0183)进行电泳分析,最终进行核酸染色和荧光成像分析。如图所示,本产品与N公司的产品相比,具有类似的催化效果。第一步反应体系(20μl):20mM Tris-Acetate (pH7.9 @ 25℃), 50mM Potassium Acetate, 10mM Magnesium Acetate, 1mM DTT, 0.04mM Uridine Diphosphate Glucose, 20pmol含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA以及不同浓度的T4-BGT。含5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基双链DNA的制备方法:将含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的24nt单链DNA(其中包含MunI酶切位点CAATTG序列,并且CAATTG序列中的C为5-hmC)和正常的与其互补的28nt单链DNA按照Annealing Buffer for DNA Oligos (5X) (D0251)说明书中的使用方法通过梯度降温退火形成含一个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA。第二步反应体系(20μl):10mM Tris-HCl (pH7.5 @ 37℃), 10mM MgCl2, 50mM NaCl, 0.1mg/ml BSA,10pmol含β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC)的双链DNA以及40U的MunI (第一步反应残留的组分除双链DNA外未列出)。实际操作时不同实验条件获得的实验结果会略有差异,图中所示结果仅供参考。

用途:可用于EM-seq、ACE-seq、TAB-seq等对5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)进行特异性检测;可用于富集含有5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)的DNA;也可用放射性尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glucose)供体对5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基进行标记。

来源:由大肠杆菌表达噬菌体T4-BGT基因,经纯化而获得。

活性定义:One unit is defined as the amount of T4-BGT required to protect 0.5µg T4gt-DNA against cleavage by MunI restriction endonuclease.

纯度:不含DNA内切酶和外切酶,不含RNA酶,不含磷酸酯酶,纯度大于95%。

酶储存溶液:20mM KPO4, 200mM NaCl, 0.25mM DTT, 0.1mM EDTA, 50% Glycerol (pH7.0 @ 25ºC).

10X T4-BGT Buffer: 200mM Tris-acetate (pH7.9 @ 25ºC), 500mM Potassium acetate, 100mM Magnesium acetate, 10mM DTT.

失活或抑制:65ºC加热10分钟可使T4-BGT失活。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D6755S-1 T4-BGT (10U/μl) 50μl
D6755S-2 10X T4-BGT Buffer 200μl
D6755S-3 UDP-glucose (2mM) 20μl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D6755M-1 T4-BGT (10U/μl) 250μl
D6755M-2 10X T4-BGT Buffer 1ml
D6755M-3 UDP-glucose (2mM) 100μl
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,至少两年有效。

注意事项:

使用本产品时宜放在冰盒内或冰浴上,使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1. 使用T4-BGT将尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glucose)的葡糖基团转移至双链DNA中的5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基,产生β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(5-gmC)。
a. 含5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基双链DNA的制备。使用碧云天Annealing Buffer for DNA Oligos (5X) (D0251)使单链DNA (中间含有一个或多个5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC))和其互补的单链DNA (中间不含有5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC))退火形成含5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)残基的双链DNA。推荐的退火后双链长度为20-30bp。如果序列中包含MunI酶切位点CAATTG序列,并且CAATTG序列中的C为5-hmC,那么后续可以使用MunI进行酶切分析和鉴定。
b. T4-BGT对双链DNA中的5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)的葡糖基化反应。
a) 参考下表在冰浴中配制反应体系。
Reagent Volume Final concentration
BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876) 14.6μl -
10X T4-BGT Buffer 2μl 1X
UDP-glucose (2mM) 0.4μl 0.04mM
dsDNA with 5-hmC (10μM) 2μl 1μM
T4-BGT (10U/μl) 1μl 0.5U/μl
Total Volume 20μl -
注:按上表设置好反应体系后,轻轻混匀(可以用移液器吹打混匀或用Vortex在最低速度轻轻混匀),随后低速离心沉淀液体;如果同时进行多个反应,可以把上表中除dsDNA之外的所有溶液和酶提前混合,分装到各反应管,最后再加入dsDNA。
b) 反应条件:37ºC孵育60分钟。
c) 终止反应:65ºC加热10分钟可使T4-BGT失活。
c. 如果进一步检测T4-BGT对双链DNA中的5-hmC的葡糖基化效果,对于初始双链DNA含MunI酶切位点CAATTG序列,并且CAATTG序列中的C为5-hmC,那么就可使用MunI (D6476)进行酶切分析和鉴定。
2. EM-seq:使用Recombinant APOBEC3A (A3A) (D6751)、Recombinant Ten-Eleven Translocase 2 (TET2) (D6753)和T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT)进行酶法甲基化测序请参考相关文献进行[2]。
3. 其它应用请参考相关文献进行。

参考文献:
1. Moréra S, Imberty A, Aschke-Sonnenborn U, Rüger W, Freemont PS. J Mol Biol. 1999. 292(3):717-30.
2. Vaisvila R, Ponnaluri VKC, Sun Z, Langhorst BW, Saleh L, et al. Genome Res. 2021. 31(7):1280-1289.
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D0182S BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%, 10孔) 10块
D0183S BeyoGel™ TBE PAGE预制胶(15%, 15孔) 10块
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D6751 Recombinant APOBEC3A (A3A) 25μg/100μg/500μg
D6753 Recombinant Ten-Eleven Translocase 2 (TET2) 10μg/50μg
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