pCMV-BioID2-Flag (阴性对照质粒)
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产品编号 D3025-100μg
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¥ 1169.00
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1μg 100μg
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pCMV-BioID2-Flag (阴性对照质粒)是碧云天自行研发生产的邻近蛋白生物素标记质粒pCMV-N-Flag-BioID2 (D3021)pCMV-C-BioID2-Flag (D3023)的阴性对照质粒。邻近蛋白生物素标记质粒在筛选和鉴定生物体内的蛋白与蛋白相互作用和探索相关功能方面发挥着至关重要的作用[1-3]。

图1. 碧云天邻近蛋白生物素标记质粒的工作原理图。

邻近依赖的生物素标记鉴定(Proximity-dependent biotin identification, BioID)技术是基于来源于E.coli生物素连接酶(Biotin ligase, BirA)的R118G突变体BirA*。BirA可在ATP存在的条件下,高效活化生物素(D-Biotin)形成生物素酰-5'腺苷酸(Biotinoyl-5'-AMP),并特异性地将生物素连接到Avi标签(GLNDIFEAQKIEWHE)的赖氨酸残基上,从而对目的蛋白进行快捷、高效的生物素标记;但由于来源于大肠杆菌的BirA*发生R118G突变,其活化的生物素酰-5'腺苷酸不再特异性修饰Avi标签的赖氨酸残基,而是可以对与其邻近的(~10nm)任意暴露在外的蛋白赖氨酸残基进行生物素标记。

BioID具有如下优点:①适用范围广:BioID融合蛋白可以在大部分细胞中表达,除了直接相互作用的蛋白,一定范围内相邻近的蛋白也会被生物素标记,便于研究天然情况下目标蛋白与周围蛋白的相互作用;适合空间和时间上细胞的动态过程的研究,还可以提供动力学数据。②敏感性高:BioID可以有效识别无法通过酵母双杂交(Yeast two hybrid, Y2H)或亲和纯化检测的体内蛋白与蛋白之间微弱、短暂的相互作用。③克服溶解度难题:BioID特别适合研究在酵母双杂交中可溶性差或较难纯化的蛋白。④标记的蛋白易纯化、背景低:蛋白经BioID标记生物素后与Streptavidin磁珠或凝胶结合紧密,可用强去垢剂(可耐受2% SDS)洗涤,消除非特异性结合蛋白,降低背景。

本产品中采用的BiolD2是BioID的改进增强版本。BioID2基于来源于Aquifex aeolicus生物素连接酶(BirA)的R40G突变体,该突变体同样被称为BirA*,和大肠杆菌BirA的R118G突变体相似,都可以对与其邻近的任意暴露在外的蛋白赖氨酸残基进行生物素标记。BioID和BioID2都是邻近依赖的生物素标记鉴定技术,同时这两种技术分别使用的大肠杆菌来源的生物素连接酶突变体BirA(R118G)和嗜热菌Aquifex aeolicus来源的生物素连接酶突变体BirA(R40G)也被分别称为BioID和BioID2。

BioID2技术和BioID相比具有多方面的优点。①更灵活的生物素标记半径:在质粒构建时可通过选择不同的酶切位点,在BioID2和诱饵蛋白之间调节是否表达linker (13X GGGGS repeats, ~25nm)控制邻近蛋白生物素标记的半径,不表达linker的BioID2融合蛋白生物素标记半径为~10nm,而表达linker的BioID2融合蛋白生物素标记半径为~35nm。这种生物素标记半径选择的灵活性,适合研究体积较大的蛋白和较大的蛋白复合物。②更好的生物素标记效果:BioID分子量约35kDa (7.8nm×3.0nm),而BioID2分子量仅约24kDa (为3.8nm×3.0nm),因此BioID2对融合蛋白功能的影响更小,空间位阻也更小,更容易接近被标记蛋白并产生更好的标记效果。③更低的生物素浓度:BioID需在生物素浓度高于50μM的条件下才能有效标记相互作用的蛋白质,而BioID2在3.2μM生物素的条件下就可以有效标记相互作用的蛋白。BioID2所需生物素用量更少,降低了生物素对细胞功能的潜在影响。④更宽的反应温度范围:BioID最佳反应温度为37℃,而BioID2在37℃-55℃都具有良好的生物素标记活性。

碧云天各种邻近蛋白生物素标记质粒的比较和选择,请参考https://www.beyotime.com/support/BioID.htm

本质粒含有CMV启动子,可以高效启动目的蛋白在细胞中的表达;表达的融合蛋白带有3X Flag标签便于检测;带有氨苄青霉素(Ampicillin)抗性和新霉素(Neomycin)抗性,可利用其氨苄青霉素抗性转化大肠杆菌后筛选阳性菌;转染哺乳动物细胞后,可使用G418 (ST081)筛选稳定表达目的蛋白的细胞株,G418和新霉素效果一致,但G418的细胞毒性更低。

pCMV-BioID2-Flag质粒的主要信息如下:

Feature Nucleotide Position
CMV promoter 235-818
BioID2 901-1599
3X Flag tag 1606-1671
BGH poly(A) signal 1706-1930
f1 ori 1976-2404
SV40 ori 2598-2733
Neomycin resistance gene 2814-3608
SV40 poly(A) signal 3782-3903
lac operator 3976-3992
CAP binding site 4045-4066
ori 4354-4939
Ampicillin resistance gene 5110-5970

pCMV-BioID2-Flag质粒(6106bp)的图谱如下:

pCMV-BioID2-Flag质粒的详细图谱见说明书:https://www.beyotime.com/Manual/D3025 pCMV-BioID2-Flag (阴性对照质粒).pdf

pCMV-BioID2-Flag中没有的酶切位点包括:

AarI AbsI AccIII Acc65I AccB7I AcvI AfeI
AflII AgeI AjuI AleI Aor13HI Aor51HI AscI
AsiGI AsiSI Asp718I AsuNHI AxyI BaeI BamHI
BanIII BbrPI BbvCI BfrI BmtI BoxI Bsa29I
Bse21I BseAI BseCI BsgI BshVI BshTI BsiWI
BsmBI Bsp13I Bsp1407I BspDI BspEI BspOI BspTI
BspXI BsrGI Bst98I BstAFI BstAUI BstEII BstHPI
BstPI BstPAI BstXI Bsu15I Bsu36I BsuTUI CciNI
Cfr42I ClaI CspAI Eco32I Eco47III Eco72I Eco81I
Eco91I EcoO65I EcoRI EcoRV Esp3I FseI FspAI
HindIII HpaI I-CeuI I-PpoI I-SceI KflI KpnI
Kpn2I KspI KspAI MauBI MreI MroI MspCI
Nb.BbvCI NheI NotI Nt.BbvCI OliI PacI PaeR7I
PalAI PasI Pfl23II PflMI PI-PspI PI-SceI PinAI
PmaCI PmlI PpuMI PshAI Psp5II PspCI PspEI
PspLI PspPPI PspXI RgaI RigI SacII SanDI
SbfI SdaI SfaAI SfiI Sfr274I Sfr303I SgfI
SgrAI SgrBI SgsI SlaI SmiI SrfI Sse8387I
SspBI SstII SwaI TstI Van91I Vha464I XbaI
XcmI XhoI

pCMV-BioID2-Flag中的单酶切位点包括:

AhdI ApaI AvrII BbsI BglII BmgBI BsaBI
BsmI BssHII BstBI BstZ17I DraIII EagI Eco53kI
MfeI MluI NdeI NruI PciI PflFI PmeI
PspOMI PvuI RsrII SacI ScaI SexAI SgrDI
SmaI SnaBI SpeI SspI StuI TspMI Tth111I
XmaI

pCMV-BioID2-Flag质粒中推荐使用的测序引物序列如下:

CMV-F (769-789): 5'-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3'

BGH-R (1770-1717): 5'-TAGAAGGCACAGTCGAGG-3'

pCMV-BioID2-Flag的全序列信息:D3025 pCMV-BioID2-Flag-全长序列.txt

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D3025-1µg pCMV-BioID2-Flag 1µg
D3025-100µg pCMV-BioID2-Flag 100µg
说明书 1份
保存条件:

-20℃保存。

注意事项:

本质粒未经碧云天书面许可不得用于任何商业用途,也不得移交给订货人所在实验室外的任何个人或单位。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.首次使用1µg包装的本产品时,请先取少量本质粒转化大肠杆菌,进行质粒小量、中量或大量抽提后再用于后续用途。抽提获得的质粒可以通过酶切电泳进行鉴定,或通过测序进行鉴定。
2.100µg包装的本产品质粒浓度为0.25µg/µl,共400µl。可以直接用于酶切或者转染细胞。
参考文献:
1.Varnaitė R, MacNeill SA. Proteomics. 2016. 16(19):2503-2518.
2.Valerie LS, Alessandro C, Andrew JM. Cell Biol. 2016. 73:17.19.1-17.19.12.
3.Kim DI, Jensen SC, Noble KA, Kc B, Roux KH, et al. Mol Biol Cell. 2016. 27(8):1188-96.
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