BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法)
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产品编号 D0088S
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¥ 336.00
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碧云天生产的BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法),即BeyoMag™ Universal Genomic DNA Purification Mini Kit with Magnetic Beads)是一种基于磁珠法的高效便捷的基因组DNA抽提试剂盒。本产品可以用于抽提动物组织、鼠尾、培养细胞、细菌、酵母、动物血液、昆虫以及固定组织的包括基因组DNA在内的总DNA,也可以用于长度大于100bp DNA片段的抽提。本试剂盒通过说明书中提供的不同操作方法,可以抽提除植物样品外的几乎所有样品中的总DNA。

本试剂盒的原理和操作流程如图1所示。样品首先被蛋白酶K消化,释放出来的基因组DNA在特定条件下与磁珠特异性结合。在外界磁场(如磁分离架)的作用下,磁珠与相应溶液可以快速高效地分离。随后通过两次洗涤去除各种杂质,最后通过洗脱液将DNA从磁珠上洗脱下来[1-3]。整个过程无需酚氯仿抽提,无需酒精沉淀,样品裂解后仅需约15分钟即可完成。

图1. BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法) (D0088)抽提DNA原理示意图。

通过本试剂盒纯化得到的基因组DNA的长度最长可达50kb左右,平均为30kb左右,最短为100bp的DNA也可以被纯化。如需获得更长的基因组DNA,对于哺乳动物样品,包括组织或细胞等,可以使用碧云天哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒(D0061)

通过本试剂盒获得的总DNA,OD260/OD280的范围通常在1.6至1.9之间。

本试剂盒按照推荐的操作步骤,每次可抽提少至数百个细胞,多至25mg组织、0.5-1cm鼠尾、500万个培养细胞、20亿个细菌或5000万个酵母。样品用量过多,反而会影响抽提效果。如果待抽提样品的DNA含量小于5ng,建议加入适当量的carrier DNA,例如poly-dT或其它对后续实验没有干扰的DNA,也可以加入适当量的carrier RNA,例如Yeast RNA (R0038/R0040)等,以改善抽提效果。本试剂盒与基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型,离心柱式) (D0063)的抽提效果对比参见图2。如图2所示,本试剂盒用于抽提细胞和组织样品的DNA时,抽提得到的DNA的量与碧云天的离心柱式试剂盒相当。

图2. 碧云天BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法) (D0088)和基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 离心柱式) (D0063)用于从HEK293T细胞和小鼠组织抽提基因组DNA的效果图。图A使用两款试剂盒分别抽提100万HEK293T细胞的总DNA,图B使用两款试剂盒分别抽提小鼠组织(肝脏、脑和肌肉)的总DNA,洗脱液用量均为50μl,取8μl洗脱后的样品混合1.6μl BeyoRed DNA上样缓冲液(6X) (D0072),使用0.8%琼脂糖凝胶进行电泳检测。实际结果会因实验条件、检测仪器等的不同而存在差异,图中效果仅供参考。

按照本试剂盒的标准操作步骤抽提得到的总DNA会含有少量的RNA,但如果按照可选步骤加入适量的DNase free的RNase A (ST576/ST577),就可以获得不含RNA的高纯度总DNA。含有RNA的总DNA可以用于PCR,但对于某些其它的后续反应可能会产生一些影响。

本试剂盒中的BeyoMag™磁珠,每20µl磁珠悬液对于DNA的最大结合容量约为30μg。通常每200万HeLa细胞或500万淋巴细胞可以抽提得到15-25μg总DNA,每25mg肝、脑、肾组织可以抽提得到10-30μg总DNA,每25mg心、肺组织可以抽提得到5-10μg总DNA,每10mg脾组织可以抽提得到5-30μg总DNA,每1.2cm小鼠尾尖或0.3cm大鼠尾尖可以获得10-25μg总DNA。

本试剂盒小包装可以抽提50个样品的总DNA。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D0088S-1 BeyoMag™磁珠 1.1ml
D0088S-2 样品裂解液A 10ml
D0088S-3 样品裂解液B 11ml
D0088S-4 洗涤液Ⅰ (首次使用前加入7ml无水乙醇) 21ml (+7ml)
D0088S-5 洗涤液Ⅱ (首次使用前加入24ml无水乙醇) 16ml (+24ml)
D0088S-6 洗脱液 22ml
D0088S-7 蛋白酶K 1.1ml
说明书 1份
保存条件:

蛋白酶K -20℃保存,其余均室温保存。一年有效。其中BeyoMag™磁珠长期不使用时,可以4℃保存,4℃可以保存更长时间。蛋白酶K室温(15-25℃)存放一周,活力无明显下降。

注意事项:

需自备磁分离装置,推荐使用碧云天的1.5/2ml磁分离架(FMS004/FMS008/FMS012/FMS016/FMS024)。

抽提细菌、酵母样品时还需要一些特定的试剂,详情请参考使用说明中的相关描述。

如需制备不含RNA的高纯度总DNA,需自备DNase free的RNase A,推荐订购碧云天的RNase A (ST576/ST577)。

温度较低时样品裂解液A或样品裂解液B中可能会有沉淀产生,属正常现象。使用前必须检查一遍。如有沉淀,55℃水浴孵育使沉淀溶解,混匀后使用。

首次使用前洗涤液I需添加7ml无水乙醇,洗涤液II需添加24ml无水乙醇,混匀,并在瓶上做好标记。

磁珠在静置后会发生沉降,使用前一定要适当涡旋震荡或颠倒数次至充分混匀。

磁分离前应适度震荡离心管使磁珠充分分散后再靠近磁场。如果出现磁珠挂壁现象,可以在磁珠聚集后晃动管内液体,使挂壁的磁珠流下。

请使用推荐的样品量。如果样品量过大,可能造成磁珠聚集,会影响洗涤进而影响抽提获得的DNA纯度。发生磁珠聚集时,洗涤时需尽量分散磁珠,这样可有效改善抽提效果。如果发生磁珠聚集现象,建议在后续实验中适当减少样品用量。

本试剂盒的某些步骤需使用55℃和70℃水浴,请提前作好准备。

除特别说明外,每次Vortex应控制在5-10秒左右。

本试剂盒所有操作均在室温进行,操作时无需冰浴。

参考如下使用说明,从某些样品中抽提总DNA不需要使用样品裂解液A。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.从动物组织中提取总DNA。
a.取不超过25mg的组织(脾不超过10mg),尽量在10mg左右,剪切成尽可能小的碎片,加入180µl样品裂解液A。或置于液氮中研磨成粉末,再加入180µl裂解液A。也可将组织置于1.5ml离心管中,加入180µl冰浴预冷的裂解液A,用微型电动匀浆器匀浆(如E6600),或者用普通玻璃匀浆器进行匀浆。
请勿使用过多的样品,过多的样品会导致抽提效果下降。较小的组织碎片会使裂解速度加快,裂解效果提高。新鲜或冻存的组织均可,但固定过的组织请参考后续的其它步骤进行。
b.加入20µl蛋白酶K,Vortex混匀,55℃水浴孵育至完全裂解。
在孵育期间可以偶尔取出样品Vortex以加快裂解速度。裂解的时间因组织不同而有所不同,通常可在1-3小时内完成。为方便起见,可以直接裂解过夜,裂解过夜对抽提效果无任何负面影响。组织完全裂解后可以呈粘稠状,但不应该呈凝胶状。如果消化过夜仍呈凝胶状,说明样品用量过多,作为补救措施,可以把整个反应体系放大一倍。
c.清除RNA (可选做)。如果希望获得不含RNA的高纯度总DNA,加入4µl 100mg/ml RNase A,Vortex混匀。室温(15-25℃)放置2分钟。
转录活性水平很高的组织例如肝和肾组织,RNA含量很高,在不做清除RNA的操作步骤(步骤1.c)的情况下,会导致最后获得的总DNA含有小部分RNA。如果残余的少量RNA对后续实验没有干扰,可以不进行本步实验操作,直接进入步骤1.d。
d.最高速剧烈Vortex 15秒。加入200µl样品裂解液B,Vortex混匀。70℃孵育10分钟。
加入样品裂解液B后需立即Vortex混匀。加入样品裂解液B后可能会产生白色沉淀,但大多数情况在70℃孵育后会溶解。即使70℃孵育后仍有白色沉淀也不会干扰后续实验。有些组织例如肺、脾,在加入样品裂解液B后可能会形成凝胶状物,此时需剧烈晃动或Vortex样品,以尽量破坏凝胶状物。
e.加入200µl无水乙醇,Vortex混匀。
加入乙醇后必须充分混匀,否则会严重影响抽提效果。加入乙醇后可能产生白色沉淀,属正常现象,后续步骤中必须把白色沉淀和溶液全部用于和磁珠的结合,沉淀不会影响抽提效果。
f.向步骤e中的混合物加入20µl BeyoMag™磁珠悬液(使用前务必混匀),轻柔混匀后,室温放置3-5分钟。将离心管置于磁力架的磁场中,待磁珠完全聚集后,小心吸除残液。
磁珠在使用前一定要涡旋或震荡混匀。如有必要,可适当增加磁珠用量,延长结合时间以提高得率。
g.加入500µl洗涤液Ⅰ,轻柔震荡使磁珠分散开,颠倒2次后将离心管置于磁力架的磁场中,待磁珠完全聚集后,尽量吸净残液。
h.加入600µl洗涤液Ⅱ,轻柔震荡使磁珠分散开,颠倒2次后将离心管置于磁力架的磁场中,待磁珠完全聚集后,尽量吸净残液。
i.将离心管室温放置5-10分钟,或置于37℃鼓风烘箱5分钟,确保残留的乙醇等微量液体完全挥发。
j.加入50-100μl洗脱液,轻柔震荡使磁珠悬于溶液中,室温孵育3-5分钟,其间甩动离心管1-2次。将离心管置于磁场中,待磁珠完全聚集后,小心吸取溶液至新离心管中,置于-20℃保存。所得溶液即为纯化的总DNA。
如需获得更高浓度的样品,可把洗脱液的体积减小至20µl,但洗脱下来的DNA量会相对减少。室温较低时,洗脱液在37℃预热片刻对得率有所帮助。此外,洗脱后的溶液再次加回到原磁珠再洗脱一次,可提高得率约10-30%;或者在第一次洗脱后使用新的洗脱液再洗脱一次,会获得约为第一次洗脱量15-40%的DNA。
2.从鼠尾中抽提总DNA。
a.取0.4-0.6cm的大鼠尾尖一段,或小鼠尾尖最多两段,加入180µl样品裂解液A。
小鼠尾尖最长不能超过1.2cm,大鼠尾尖不能超过0.6cm。如果使用的是成年大鼠或小鼠,建议仅使用0.4-0.6cm长的尾尖。如果抽提鼠尾的DNA用于基因型鉴定(Genotyping),使用0.2-0.3cm长的尾尖已经足够。
b.加入20µl蛋白酶K,Vortex混匀,55℃水浴孵育至完全裂解。
在孵育期间可以偶尔取出样品Vortex以加快裂解速度。并确保鼠尾浸没在裂解液内。裂解完全通常需6-8小时。为方便起见,可以直接裂解过夜,裂解过夜对抽提效果无任何负面影响。组织完全裂解后可以呈粘稠状,但不应该呈凝胶状。如果消化过夜仍呈凝胶状,说明样品用量过多,作为补救措施,可以把整个反应体系放大一倍。
c.清除RNA (可选做)。如果希望获得不含RNA的高纯度总DNA,则加入4µl 100mg/ml RNase A,Vortex混匀。室温(15-25℃)放置2分钟。
鼠尾中RNA含量很低,但在不做清除RNA的操作步骤(步骤2.c)的情况下,会导致最后获得的总DNA含有少量的RNA。如果残余的少量RNA对后续实验没有干扰,可以不进行本步实验操作,直接进入步骤2.d。
d.按照等体积混合适当体积的样品裂解液B和无水乙醇,Vortex混匀。
每一个样品,需混合200µl样品裂解液B和200µl无水乙醇。如果有10个样品,则需混合2ml样品裂解液B和2ml无水乙醇,以此类推。配制好的样品裂解液B和无水乙醇的等体积混合液,室温放置,3个月内有效。必须Vortex充分混匀,否则会严重影响抽提效果。
e.最高速剧烈Vortex 15秒。加入400µl步骤d配制的样品裂解液B和无水乙醇等体积混合液,剧烈Vortex混匀。
加入样品裂解液B和无水乙醇的等体积混合液后可能会产生白色沉淀,属正常现象,后续步骤中必须把白色沉淀和溶液全部用于和磁珠的结合,沉淀不会影响抽提效果。
f.转步骤1.f,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.f起的步骤。
3.从培养的动物细胞中抽提总DNA。
a.收集最多不超过500万的细胞,离心沉淀后重悬于200µl PBS (C0221A)中。
PBS需自备。如果使用冻存的细胞沉淀,先把细胞沉淀解冻,并轻轻弹散,然后再加入PBS。对于基因组DNA含量较高的细胞,例如HeLa细胞,应使用较少的细胞,例如100-200万HeLa细胞。
b.清除RNA (可选做)。如果希望获得不含RNA的高纯度总DNA,加入4µl 100mg/ml RNase A,Vortex混匀。室温(15-25℃)放置2分钟。
在不做清除RNA的操作步骤(步骤3.b)的情况下,会导致最后获得的总DNA含有小部分RNA。如果残余的少量RNA对后续实验没有干扰,可以不进行本步实验操作,直接进入步骤3.c。
c.加入20µl蛋白酶K,Vortex混匀。
d.加入200µl样品裂解液B,Vortex混匀。70℃孵育10分钟。
加入样品裂解液B后必须立即Vortex混匀。不可把蛋白酶K直接和样品裂解液B混合。
e.加入200µl无水乙醇,Vortex混匀。
加入乙醇后必须充分混匀,否则会严重影响抽提效果。加入乙醇后可能会产生白色沉淀,属正常现象,后续步骤中必须把白色沉淀和溶液全部用于和磁珠的结合,沉淀不会影响抽提效果。
f.转步骤1.f,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.f起的步骤。
4.从动物血液中抽提总DNA。
本操作方法也适用于血沉棕黄层(Buffy coat)和骨髓(Bone marrow)的总DNA抽提。
a.取50-100µl红细胞无细胞核的血,或5-10µl红细胞有细胞核的血。
人、猴、牛、兔、大鼠、小鼠等的红细胞无细胞核,鸟、鱼、蛙等的红细胞有细胞核。红细胞有细胞核会导致相同体积的血液内DNA的含量非常高。
b.加入20µl蛋白酶K。
c.加入PBS至总体积为220µl,Vortex混匀。
d.加入200µl样品裂解液B,Vortex混匀。70℃孵育10分钟。
e.转步骤3.e,后续步骤同“从培养的动物细胞中抽提总DNA”3.e起的步骤。
5.从石蜡包埋的组织样品中抽提总DNA。
由于包埋的组织通常已经被固定,通常仅能获得长度小于650bp的DNA。乙醇或甲醛固定的石蜡包埋组织样品相对比较适合DNA的抽提,而有交联作用的固定试剂(例如锇酸)固定的组织则不适合用于抽提DNA。需自备二甲苯。
a.取一块小于25mg的包埋块,加入1.2ml二甲苯,剧烈Vortex,以充分脱腊。
b.台式离心机最高速(12,000-14,000rpm)室温离心5分钟,弃上清。
注:去除上清的时候要非常小心,不要把沉淀丢失了。
c.加入1.2ml无水乙醇,轻轻Vortex混匀,以去除残留的二甲苯。
d.台式离心机最高速(12,000-14,000rpm)室温离心5分钟,弃上清。
注:去除上清的时候要非常小心,不要把沉淀丢失了。
e.重复步骤c和d一次,即再用乙醇洗涤样品一次。
f.弃上清后再最高速离心1分钟,用20µl枪小心吸除残留的液体。
g.室温放置数分钟至乙醇全部挥发。
h.加入180µl样品裂解液A。
i.转步骤1.b,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.b起的步骤。
6.从甲醛固定的组织中抽提总DNA。
由于组织已经被固定,通常仅能获得长度小于650bp的DNA。甲醛或乙醇固定的组织样品相对比较适合DNA的抽提,而有交联作用的固定试剂(例如锇酸)固定的组织则不适合用于抽提DNA。乙醇固定的组织可以参考甲醛固定的组织的抽提方法进行总DNA的抽提。
a.取不超过25mg的组织,用PBS洗涤两次,以充分去除固定液。
b.去除PBS,转步骤1.a,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.a起的步骤。
7.从革兰氏阴性菌中抽提总DNA。
a.离心收集最多不超过20亿个细菌,弃上清。
b.加入180µl样品裂解液A,充分重悬细菌。
c.转步骤1.b,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.b起的步骤。
8.从革兰氏阳性菌中抽提总DNA。
需自备溶菌酶,并配制溶菌酶溶液:20mM Tris, pH8.0, 2mM EDTA, 1.2% Triton X-100, 20mg/ml溶菌酶。溶菌酶在临使用前加入。
a.离心收集最多不超过20亿个细菌,弃上清。
b.用180µl溶菌酶溶液充分重悬细菌。
c.37℃孵育30分钟以裂解细菌。
d.加入20µl蛋白酶K,Vortex混匀。
e.加入200µl样品裂解液B,Vortex混匀。
注:不可把蛋白酶K直接加入到样品裂解液B中。
f.70℃孵育30分钟。
g.转步骤1.e,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.e起的步骤。
9.从酵母中抽提总DNA。
需自备用于裂解酵母的酶Lyticase,并配制酵母裂解液:1M 山梨糖醇(Sorbitol),100mM EDTA,14mM 2-巯基乙醇。
a.离心收集最多不超过50万个酵母,弃上清。
b.用600µl上述酵母裂解液重悬,加入200U Lyticase,30℃孵育30分钟。
注:裂解的时间会随酵母的种类不同而有所不同,详细情况请参考Lyticase的说明书。
c.300×g离心10分钟收集沉淀,弃上清。
d.沉淀用180µl样品裂解液A重悬。
e.转步骤1.b,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.b起的步骤。
10.从昆虫中抽提总DNA。
a.用液氮冷冻后研碎处理:
a)取最多不超过50mg昆虫(例如果蝇),液氮冷冻后研碎,转移至1.5ml离心管中。
b)加入180µl样品裂解液A。
c)转步骤1.b,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.b起的步骤。
b.用匀浆器匀浆处理:
a)取最多不超过50mg昆虫(例如果蝇)。
b)加入180µl PBS,用电动匀浆器或玻璃匀浆器匀浆。
c)转步骤3.b,后续步骤同“从培养的动物细胞中抽提总DNA”3.b起的步骤。
11.从其它样品中抽提总DNA。
对于某些样品需使用特定的裂解液裂解,可以参考如下方法进行总DNA的抽提。
a.样品用200µl特定的裂解液裂解。裂解需确保呈溶液状态,如果有不溶物需通过离心沉淀去除。
b.加入20µl蛋白酶K。
c.加入200µl样品裂解液B,立即Vortex混匀。70℃孵育10分钟。
注:检查整个溶液的pH值,确保pH值小于7.0,否则DNA结合到磁珠的效率会很低。
d.转步骤1.e,后续步骤同“从动物组织中提取总DNA”1.e起的步骤。
参考文献:
1.Vogelstein B, Gillespie D. Proc Natl Acad Sci U S A. 1979. 76(2):615-9.
2.Boom R, Sol CJ, Salimans MM, Jansen CL, Wertheim-van Dillen PM, et al. J Clin Microbiol. 1990. 28(3):495-503.
3.Archer MJ, Lin B, Wang Z, Stenger DA. Anal Biochem. 2006. 355(2):285-97.
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