长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度大于200 nt的不会翻译成蛋白的RNA分子。lncRNA存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织表达特异性和低丰度等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白活性调控、蛋白质运输、siRNA形成和mRNA降解等。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。

碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

技术流程

技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序数据量：建议10-12 Gb/样本(约70-80M Reads)
测序及基础分析周期：20个工作日

样品要求

1. 样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2. 样品量：细胞样品请提供至少1×10⁷个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
3. 样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4. 样品保存：细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5. 样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

数据分析内容

1. Reads QC/QA与数据统计
2. 比对到参考基因组与数据统计
3. 转录组表达量的计算
4. 基因差异表达分析；差异表达基因筛选
5. 差异表达基因的功能富集和通路分析(GO, KEGG等注释分析)
6. lncRNA的识别预测
7. lncRNA分类
8. lncRNA靶基因预测：顺式反式
9. lncRNA差异表达分析
10. 差异lncRNA靶基因生物学通路分析
11. 差异lncRNA靶基因GO功能注释分析

应用案例

人结直肠癌特异性的CCAT1-L lncRNA远程调节MYC基因位点染色质相互作用
Jian-Feng Xiang, Qing-Fei Yin, et al,. Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Research, (2014) :1-19.

对人结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序，两样本分别得到52M和59M reads。比较发现，结直肠癌组织中MYC基因上游515 kb处特异性地转录一种lncRNA—CCAT1-L。功能研究表明，抑制CCAT1-L 会降低MYC基因表达；过表达CCAT1-L，会增强MYC基因表达，并促进肿瘤发生。进一步研究发现，编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中，该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。研究表明，该lncRNA是肿瘤形成的重要调控因子。

结直肠癌组织中MYC基因上游515 kb位点特异性的lncRNA—CCAT1-L